杜克大学设有40多个研究所和研究中心。其中重要学术机构包括：资源与环境政策研究中心、全球健康中心、威特兰动植物研究中心、海洋实验室、海洋生物医学中心和热带环境保护中心等。

专业设置  

重点学科：杜克大学本科生课程最好的学科为政治学、公共政策、历史和化学，工程系也很不错，特别是电子工程和生物医学工程更为其强项。大学最多学生选读的学科，依次是：社会科学(30%)、文科(16%)、工程(14%)、生命科学(11%)、心理学(8%)。  

院校排名  

2014年Usnews最新美国大学综合排名 第7名  

学术研究  

美国新闻与世界报道的2009年最好研究型学校，杜克医学院排名第六，法学院排名十一，商学院并列十一，工程学院排名三十。在博士项目的排名中，杜克在文学批评和理论专业排名第一，黑人文学专业排名第三，美国现代文学排名第三，市场专业排名第三，环境政策及管理排名第四，MBA 排名第四，公共政策分析专业排名第五，国际商务排名第五，统计数学排名第六，生态学和进化生物学排名第五，生物医学工程第二，国际政治学排名第七，公共事务排名第十，政治学排名第十，理科博士项目排名十二，数学并列二十一，计算机科学排名二十，电脑工程排名二十一，物理并列二十九，化学并列三十八。  

该校科学院在美国新闻与世界报道的2007年美国大学排名榜上排名第8，列全球大学排名第11位。连续五年在全美大学排行榜上名列第5。本科课程提供36门文理专业及46门可选择的第二专业。  

杜克大学是美国最优秀的大学之一，且为美国南部最好的私立大学。相比美国的常春藤盟校(IVY League)的佼佼者：哈佛、耶鲁、普林斯顿，杜克大学虽然历史较短，但无论是学术水准还是其他方面都能与常春藤名校相抗衡，学生曾经一度戏称哈佛大学是北方的杜克。该校长期排名美国前十，并于2002年至2007年期间一度排名前5。2013-2014年的美国《U.S News & World Report》将杜克大学在美国综合大学排行中与麻省理工大学，宾夕法尼亚大学排在并列第七，世界综合大学第20的位置。其中的医学院、福库商学院(The Fuqua School of Business)和法学院是杜克大学最著名的三个学院。